随技术的进步,新一代测序技术(Next-Generation Sequencing, NGS)已让我们能高速、高通量地解读这些编码。本文将带大家深入理解NGS的原理与应用。
前言:在生物学的世界中,每个生命体的密码都藏在其DNA之中。随着技术的进步,新一代测序技术(Next-Generation Sequencing, NGS)已让我们能高速、高通量地解读这些编码。今天,就由我来带领大家深入理解NGS的原理与应用。
是通过将多个物种的基因组放在同一个板上,然后使用定制的小核苷酸片段进行高通量的序列测定。这些小核苷酸片段会涉及到每个物种基因组序列上的每个核苷酸位点,并围绕这些位点交叉重复出现,形成一个特别的组合。结合这种组合匹配的原则,能够实现整个基因组序列的高通量测定。同时,软件程序也在核苷酸序列本身的分析上发挥及其重要的作用,帮助完成基因组序列的准确测定。
简而言之,下一代测序是一种高通量的DNA或RNA序列测定方法。与传统的单一分子克隆和序列分析相比,它能够在极短的时间内批量处理样品、产生数以万计的短读段数据,并依赖高效的算法来进行比对和分析。因此,以低成本、高准确度、高通量和快速检测而成为目前最常用的基因检测手段之一。
·核酸提取: 首先从生物样品(如细胞、组织、血液等)中提取出DNA或RNA。这一步是确保后续测序结果准确性的基础。
·纯化:对提取的核酸进行纯化,去除杂质,如蛋白质、盐类、糖类等,以提高核酸的纯度和浓度。
接头连接: 将特定的测序接头连接到核酸片段的两端。这些接头包含用于测序仪识别的序列,以及用于区分不同样本的索引序列。
·扩增: 通过PCR或其他扩增方法,将连接了接头的核酸片段进行扩增,以获得足够数量的模板用于测序。但值得注意的是,扩增次数并非越多越好,因为过多的扩增可能会引入扩增偏倚和错误。
·文库加载: 将制备好的文库加载到测序仪的流动池(flowcell)中。
·测序反应: 在测序仪中,通过边合成边测序或边连接边测序的方法,对文库中的核酸片段进行测序。测序过程中,测序仪会依次加入带有荧光标记的dNTP(脱氧核糖核苷三磷酸),并根据荧光信号确定每个位置的碱基类型。
·图像捕获与数据分析: 使用高分辨率摄像机捕获荧光信号的图像,并通过生物信息学软件对图像和序列数据进行处理和分析,最终得到测序结果。
·质量控制: 对原始测序数据进行质量控制,包括去除低质量序列、校正测序错误等。
·序列比对: 将质控后的序列与参考基因组进行比对,确定每个序列在基因组中的位置。
·变异检测: 通过比对结果,检测样本中的单核苷酸变异(SNV)、插入/缺失(INDEL)、结构变异(SV)等遗传变异。
·报告生成: 根据变异检测结果,生成详细的测序报告,包括临床解读、治疗建议等。
以上就是NGS测序的基本流程。需要注意的是,不同的测序平台和实验设计可能会有所差异,但总体流程是相似的。
这些主要的NGS技术各自具有特点和优势,适用于不同的实验目的和应用场景。随着技术的不断发展和创新,NGS领域的技术和平台也在不断更新,为科学研究、临床诊断和生物工业等领域提供更加丰富和强大的工具。同时,随着Solexa/Manteia/Illumina专利开始到期, 势必对NGS市场发展产生影响,具体影响可能包括:更新的NGS 平台、给Illumina带来试剂定价压力以及使用新试剂开发新(或更新)技术等。
1. 测序通量的提升NGS技术相比传统测序技术,最大的优势在于其高通量。近年来,随着技术的不断进步,测序通量持续提升,能够在短时间之内完成大量DNA或RNA分子的测序,大大加快了基因组学、转录组学等领域的研究进程。
2. 测序成本的降低随着测序技术的成熟和市场之间的竞争的加剧,NGS测序成本明显降低。这使得更多实验室和科研机构能够承担得起测序费用,推动了NGS技术的普及和应用。
3. 测序精度的提高NGS技术在测序精度方面也不断取得突破。通过优化测序流程、改进测序算法等手段,NGS技术的测序精度逐步的提升,为科学研究提供了更加准确的数据支持。
总体来说,NGS技术已从科研走向了临床,成为医疗保健领域的重要工具之一,可帮助人们进一步探索基因构成和各种疾病的易感性,通过识别致病变异,实现对癌症、传染病、罕见基因变异、产前异常以及可能会影响治疗反应的药物基因变异的早期准确检测,从而大幅改善患者的治疗效果。其中,NGS的技术未来发展: